水利部综合开发管理中心（以下简称综管中心）的前身是1988年10月成立的水利部综合经营工作领导小组办公室。1994年5月，综管中心经中编办以（中编办[1994]69号）文批复成立，为水利部直属正局级事业单位，是部经济工作领导小组的办事机构。

    1996年，经部批准，综管中心更名为“水利部经济管理局”，确定了“三定”方案，内设5个处室，人员编制30人。

    1998年，水利部实施机构改革，水利部经济管理局恢复名称为水利部综合开发管理中心，其主要职能为：受部委托负责水利行业综合经营的规划、协调、服务及管理工作；协助管理部属资产和资金；承担财务会计代理工作。

    2000年，水利部在京事业单位实施机构改革，综管中心的经济研究部分的职能并入发展研究中心，多种经营部分的职能并入水利部综合事业局。为此，综合事业局成立了多种经营管理处，负责多种经营的管理工作；成立了资产管理运营处，负责国有资产的管理工作。同时，为了加强对原综管中心负责管理的上市公司股权等资产的管理，综管中心保留事业单位的牌子，同综合事业局实行一体化运转，由综合事业局局长兼任综管中心主任。

    2006年，根据水利部综合事业局《关于同意水利部综合开发管理中心实体化运行实施方案的批复》（综人[2006]220号）的精神，综管中心恢复实体化运行，作为综合事业局经济发展方面的管理机构开展工作。